保肛手术有早期的并发症，还有晚期并发症。不同的阶段、不同时期可能有不同表现。因为手术毕竟是全麻手术，可能要做气管插管，插管可能有肺部的感染，也可能有呼吸道感染。另外插尿管可能有尿路感染，还有局部伤口的感染，都是感染的并发症。
还有术后的出血，包括吻合口的出血，吻合完之后可能在口上有些小血管出血，也有可能有这个情况。术后出血是比较严重的并发症，多数都在术后5-6天以后可能才发现。比如吻合口瘘，有时候接上、吻合之后愈合不好；因为张力比较高，牵拉或者血供不好；患者体质的情况不好，可造成愈合不好，有吻合口瘘。一般肠道功能恢复，大便就会在那通过，大便就会跑到盆腔里，更严重可以到腹腔，引起盆腔和腹腔感染，这是一些并发症。
晚期还有并发症，比如过1-2个月，可能会有吻合口的狭窄。吻合口狭窄表现为大便排不了、大便排不出来，只能排很细大便，或者只能排稀大便，成型的就出不来，这是吻合口的狭窄。
有的情况下可能也不狭窄，也没有吻合口瘘的情况，仍然会有表现，叫直肠前切除术后综合征，属于盆腔神经影响，因为在做直肠癌要游离盆腔，盆神经丛会受到一定影响，对肠道运动都会有影响。老觉得大便不好排，或者老有肛门部坠胀疼痛。
由于在手术过程中的神经损伤造成排尿的并发症，小便排不出，造成尿管长时间拔不掉，会造成生殖系统的并发症，包括阳痿、射精功能障碍，都是因为骶前神经损伤，造成不能射精。如果造成骨盆内脏神经的损伤，可能会造成勃起功能障碍，都是生殖系统并发症。