碘缺乏的主要危害，是影响甲状腺激素的合成。机体的绝大多数碘都是在甲状腺上皮细胞内聚集，经过酪氨酸碘化，形成单碘酪氨酸、双碘酪氨酸、三碘酪氨酸和四碘酪氨酸，也就是甲状腺激素。

一般情况下，机体不会缺乏碘，但是在远离海边的山区，食物中含碘的物质少，机体合成甲状腺激素的原料较少，甲状腺会发生代偿性增生、肥大，力图多合成甲状腺激素，就会造成地方性甲状腺肿。

如果合并甲状腺功能减退症，就称之为地方性甲状腺肿伴甲状腺功能减退症。现在这种病情非常少，是因为如今这些地区的盐中，加有大量的碘，碘盐的使用，使缺碘的症状缓解。

碘主要是合成甲状腺激素时需要应用，如果在其他疾病，如桥本甲状腺炎、核素碘-131治疗以及甲状腺手术切除，甲状腺组织减少，但是碘并不缺乏。甲状腺合成甲状腺激素的场所发生问题，导致的甲状腺功能减退症，与地方性甲状腺肿引起的甲状腺功能减退症不一样。